研究所（中心、教研室）：
实体研究所：
生物医学工程研究所
医疗器械工程研究所
制药技术与设备研究所
医学信息工程研究所
食品科学与工程研究所
食品质量与安全研究所
生物系统热科学研究所
医学影像工程研究所
医学基础教研室
实验中心
系统生物医学研究中心
机器智能研究院（挂靠）
虚体研究所：
医疗器械质量与安全研究所
医学光学与视光学研究所
食品微生物危害及控制研究所
医疗器械电磁兼容研究所
食品生物技术研究所
平台：
“教育部现代微创医疗器械及技术”工程中心
国家级专业技术人员继续教育基地
上海食品微生物工程技术研究中心
上海市医疗器械工程实验教学示范中心
上海市低温生物医学技术服务平台
上海介入医疗器械工程技术研究中心
上海食品快速检测工程技术研究中心
学院卓越工程教育办公室
学院综合办公室
学院教务办公室
学生工作办公室
